בהתאם לחוק העמותות, קיימים שני מסלולים שבאמצעותם ניתן להביא לפירוק וחיסול עמותה: 1) הליך פירוק מרצון;2) פירוק לפי צו בית משפט.
הליך פירוק מרצון
עמותה אשר מעוניינת להפסיק את כל פעילותה ובכך להביא לחיסולה, יכולה לפעול בהליך של פירוק מרצון וזאת בכפוף לכך שניתנה הצהרת כושר פירעון חתומה על ידי רוב חברי הוועד, בהתאם לכל ההליכים שמפורטים בהקשר זה בחוק, בהתאם לנוהל שגובש על ידי רשם העמותות וכן, בהתאם להוראות תקנון העמותה.
על העמותה לבחון קודם אם באפשרותה לפרוע את חובותיה בתוך שנה ובהתאם לכך, להגיש לרשם העמותות תצהיר כושר פירעון חתום על ידי רוב חברי הוועד. לאחר הגשת התצהיר, על העמותה לכנס אסיפה כללית ולקבל החלטה על פירוקה ברוב של שני שליש לפחות מן המצביעים באסיפה. לאסיפה יוזמנו כלל חברי העמותה לאחר שניתנה להם הודעה בת 21 ימים מראש, תוך ציון בסדר היום על כך שיוצע באסיפה הכללית להחליט על פירוק העמותה.
במסגרת החלטה זו של האסיפה הכללית, על העמותה גם למנות מפרק אשר יפעל למימוש נכסיה של העמותה ויהא אחראי על פירוקה.
המפרק יכין בסיום תפקידו דו”ח פירוק בו יפורט אופן מימוש, הפעולות שביצע, כל הסברים ופירוט אודות פעילות העמותה לפני הפירוק, הקמתה, שמות חברי הועד, והכל כפי שמפורט בהרחבה בהנחיות רשם העמותות. דו”ח המפרק יועבר לאישור וועדת הביקורת או לגוף המבקר של העמותה. בנוסף, הדו”ח יבוקר גם על ידי רו”ח, ככל שהעמותה הייתה מחויבת במינוי של רו”ח על פי חוק.
חשוב להבהיר, כי גם אם עמותה החליטה לפנות להליך של פירוק מרצון, הדבר לא יגרע מסמכותו של בית המשפט לתת צו פירוק. אם ניתן צו פירוק על ידי בית המשפט, ייחשב הפירוק שניתן על ידי בית המשפט כאילו התחיל ביום תחילת הפירוק מרצון.
פירוק על ידי בית המשפט
הליך פירוק על ידי בית המשפט מתחיל עם הגשת בקשה לפירוק העמותה לבית המשפט המחוזי. הבקשה עשויה להיות מוגשת על ידי כל אחד מן הגורמים הבאים: רשם העמותות, היועץ המשפטי לממשלה, נושה של העמותה ואף העמותה עצמה.
כל אחד מהגורמים יכול להגיש בקשה לפירוק העמותה בהתאם לעילות המנויות בחוק.
בית המשפט רשאי, לאחר שהוגשה בפניו בקשת הפירוק ובטרם ניתן צו פירוק לעמותה, למנות את כונס הנכסים הרשמי או אדם אחר המתאים כמפרק זמני.
עם קבלת צו פירוק מבית המשפט, ימונה מפרק או נאמן קבוע לנכסי העמותה. יצוין, כי כל הוראות הדין אשר חלות על חברה בפירוק יחולו על העמותה, בשינויים המחויבים.
תחילת פירוק העמותה יהיה ביום מתן צו הפירוק על ידי בית המשפט, אלא אם נקבע במסגרת הצו מועד אחר.