רשם העמותות הוא אחד מהגורמים הממשלתיים המבצעים ביקורות עומק לעמותות וחברות לתועלת הציבור. ביקורת עומק באה לבחון את התנהלות העמותה או החל”צ ביחס לנושאים או תחומים עיקריים הקשורים לפעילותה. מטרת ביקורת העומק היא גם לבדוק את עמידת העמותה/ החל”צ בהוראות החוק וכללי ניהול תקין, בהוראות תקנונה ובמטרותיה.

ביקורות עומק מטעם רשם העמותות מתבצעות לרוב בעמותות שמחזורן השנתי הוא מעל מיליון ₪. יחד עם זאת, רשם העמותות עורך ביקורות בעמותות קטנות יותר עם מחזור שנתי נמוך יותר במקרים מסוימים (למשל, במקרה שבו הוגשה תלונה כנגד התנהלות העמותה, לעמותה יש עודפים או גירעונות משמעותיים ועוד).

להיערכות נכונה לביקורת עומק, מומלץ להכין מראש את המסמכים הנדרשים ולהמציא את כל הנהלים והפרוטוקולים המתעדים, בין היתר, את ניהול משק הכספים של העמותה, הוצאות הנהלה וכלליות ותשלומים לספקים ולנותני שירותים, הכנסות מתרומות ועוד.

אי עמידה בכללי ניהול וחוסר שיתוף פעולה עם עורכי הביקורת עלולים לגרור הטלת סנקציות כנגד העמותה (לרבות סנקציות כספיות, אי מתן אישור ניהול תקין, והפסקת תמיכות ממשלתיות). בנוסף, צפויה פגיעה במוניטין העמותה דבר שעלול להרחיק תורמים ומתנדבים. לכן הכנה מוקדמת לביקורת רשם העמותות הינה חשובה עד מאוד.